围绕蟹黄堡的巧妙配方，痞老板和蟹老板展开了新一轮的战争。虽然海绵宝宝成功挫败痞老板的猛烈攻势，但是却依然中了对方的阴谋。关键时辰，配方凭空消逝，直接结果便是招致没人能再做出蟹黄堡。关于日常极度依赖蟹黄堡的比奇堡的居民来说，这一音讯无异于晴天霹雳。小镇的安静荡然无存，海底世界堕入末世般的混乱与骚动之中。由于陷害了痞老板，海绵宝宝被大家当作叛徒看待。危机时辰，海绵宝宝、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章鱼哥得以穿越时空，并顺着蟹黄堡的香味分开了人头攒动的沙滩上。 在那里他们遇见了运用阴谋偷走秘方的胡子海盗（安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰），于是一场蟹黄堡的攻防战由此展开……